隨後，董卓讓司隸校尉宣播以災異彈劾楊彪、黃琬，罷免了他們的官職。
伍瓊和周毖也來見董卓，董卓問道：“你二人來此何事？”
二人都道：“聞相國欲要遷都，特來相勸。”
一聽伍瓊和周毖也是來反對遷都的，董卓大怒，又想起這兩人推薦的刺史、太守、國相皆反，忍不住怒道：“我當初入朝時，你們二人勸我任命有名望的士人為官，我聽從了。而這些士人到任後，卻又舉兵反我。這是你們兩個出賣我，我並沒有辜負你們兩人的地方！”
於是，董卓命人將伍瓊、周毖斬首示眾。
自從董卓入京以來，對士人一直是百般拉攏，客客氣氣說話，所以也給了這些名士一種虛假的自信，認為董卓懼怕自己的名望，不會亂來。
此刻，見董卓將伍瓊、周毖二人斬首。楊彪、黃琬害怕董卓也會殺掉自己，也顧不得仰慕古人的氣節了。
兩人去拜見董卓，並道歉說：“小人是因為戀舊，並非是想阻撓國家大事，請您大人大量，不要治我們的罪。”
董卓此時也為殺害伍瓊、周毖而後悔，又見楊彪、黃琬來向自己服軟，於是上書表奏楊彪、黃琬為光祿大夫。
侍中陳紀被任命為平原相，按照製度，陳紀前去拜會董卓，聆聽教誨。董卓對他道：“青州刺史劉玄德雖然也起兵反我，但是並未至酸棗，也沒有出青州。可見他心中還是知道敬畏朝廷的。卿去平原上任，可以勸說劉玄德退兵，如果他答應，我可以讓他做青州牧。”
陳紀稱是，董卓又問道：“三輔地勢平敞，四麵形勢險要堅固，土地肥美，號稱天府之國。現在關東兵起作亂，恐怕洛陽不可久居。長安那裏宮室是現成的，今想西遷長安，未知卿意下如何？”
陳紀道：“天下有道，要使四夷歸服。這就需要賢明的政治，以安撫他們。遷移皇上，這是最差的主意。我認為，您應當把事務交給公卿們去辦，自己集中精力對付外麵的問題。如果有人違抗您的命令，您可以用軍隊來處理他。現在關東起兵，老百姓無法活命。如果您謙讓朝政，率師討伐關東亂兵，那麽，水深火熱中的老百姓，庶幾可以保全。如果想遷皇帝以圖自安，那好比累卵，越高就越有破滅的危險啊！”
見到陳紀也反對遷都，董卓非常不快，但是他敬重陳紀的名望和德行，就再沒有說什麽。
因為黃琬被免，司徒之位空缺，朝廷有人建議提拔陳紀為司徒，以示拉攏，陳紀見局勢動蕩，連行禮都顧不得收拾，就盡快趕往平原國上任去了。
此後，朝廷任命光祿勳趙謙擔任太尉，太仆王允擔任司徒依舊為尚書令，繼續掌管尚書台。
雖然董遷都之議沒有得到認同，但是遷都的決策還是確定了下來。
決定遷都之後，董卓迅速將皇帝劉協及一幫朝廷官員遷到長安，前後不過十八天。
在這次遷都行動中，還有大量蘭台石室書籍轉移至長安，途中因為大雨的緣故，道路泥濘難行，有一半的書籍被拋棄焚燒。司徒王允整理剩餘的書籍，分門別類。在文化經典傳承這件事上，王允是有貢獻的。
董卓留在洛陽，以防禦關東聯軍，而長安朝廷的內外事務都交給王允來處理，王允假裝順從董卓，董卓也對王允推心置腹，對他沒有猜忌和懷疑，所以王允能夠扶持王室於危亂之中，天子、朝臣，內內外外，沒有不依靠他的。
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