墨菲斯掙脫束縛，向著直升飛機衝去，卻被史密斯特工射中腿部。尼奧關鍵時刻騰空而起救下墨菲斯，直升飛機又成了史密斯特工槍下的犧牲品……
尼奧在千鈞一發的時刻又救下了崔妮蒂，而直升飛機則直接撞上了大樓，伴隨著撞擊和爆炸，三個人驚險的逃生，向著坦克指示的地鐵站電話亭跑去。
但剛剛衝到一個路口，就有警車趕到，警察們剛剛掏出槍，尼奧直接脫掉掛滿了手雷的黑風衣，拉開保險，扔向了聚在一起的警車。
就在所有警察的注視中，風衣飛到了幾輛警車前，還沒有完全落下就轟然炸響，火焰和氣浪將警車掀翻，這些警察也都騰空飛起，隨著鏡頭的轉動，觀眾能清晰的看到爆炸帶動的碎玻璃和金屬屑的飛行軌跡，目睹它們夾雜在火焰和氣浪中擊中周圍的建築，擊碎路邊的玻璃櫥窗，擊穿警察的身體。
別這些普通的觀眾，此時就連喬治·盧卡斯都感覺有些目眩神迷，影片在視覺上帶給人的衝擊太強烈了，槍鬥術、子彈時間還有剛剛的爆炸，都是一種視覺上的至高享受。
“杜奇·查理曼對於這些火爆場麵的把控更加精湛了！”喬治·盧卡斯忍不住心中感歎。
而此刻在電影中，三人暫時擺脫了特工和警察的追擊，電話鈴聲響起，墨菲斯率先離開矩陣，這個時候崔妮蒂想要對尼奧表白，卻被經過的地鐵打斷，在她傳離回到現實後，史密斯追了過來，開槍打爛了尼奧的電話，正反兩派的大戰終於到來了。
尼奧和史密斯各自向著對方衝去，雙方都用上了槍鬥術，但這與之前的槍鬥術不同，兩人的動作幾乎都是麵對麵攻擊，以差到毫厘的方式躲開對方射來的子彈，大量高速慢鏡的使用，再次清晰的展示出了子彈的運動軌跡，充分讓觀眾體會到其中的驚險刺激。
不過尼奧仍然是處於劣勢，最後他利用衝來的地鐵，險之又險的把史密斯送進了地鐵的車輪下。
可就在尼奧想要離開地鐵站的時候，地鐵刹車，史密斯從車廂內走了出來，他所代表的特殊程序似乎永遠都殺不死。
接下來就是一番驚險的追逃大戰，尼奧麵臨著史密斯和另外兩個特工的追擊，驚險的搶到手機聯係上氣墊船，終於拿到了離開矩陣的電話地址。
但當他擺脫兩名特工的追擊，衝到酒店的房間前，救命的電話鈴聲剛剛響起，尼奧推開房間，迎來的卻是史密斯特工的槍口。
槍聲接連響起，史密斯幾乎把尼奧射成了馬蜂窩，仿佛這就是結尾，可電影中的主角總是擁有著光環的，所以崔妮蒂在“我愛你”的告白之後，在同樣遭受危機的氣墊船中，吻了現實世界中的尼奧。
尼奧緊接著複活，開啟了救世主模式，史密斯三名特工射向他的子彈，被他輕易定格在了身前，緊跟著衝上來的史密斯根本不堪一擊。
最終尼奧將代表史密斯的這段代碼撕成了碎片，另外兩名特工落荒而逃，尼奧也在千鈞一發之刻，返回了現實世界。
“我知道你們在哪裏，我能感受到你們，你們害怕了，你們怕我，你們怕改變……我要讓所有人見證真實的世界！”
在影片的結尾，尼奧與母體進行了直接對話，然後一飛衝！
字幕落下，掌聲響起，伴隨著觀眾們激動地叫喊，保羅和杜奇·查理曼對視一眼，兩個人都知道這部影片成功了。
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